El Sahara es más que un simple páramo arenoso; tiene un terreno diverso que incluye mesetas desérticas, salinas, dunas de arena, montañas y valles áridos. Con la excepción del Nilo, que siempre fluye, los ríos y arroyos del Sahara son estacionales. Más de 20 lagos salpican el desierto, predominantemente de agua salada, destacando el lago Chad como el único oasis de agua dulce.
Emi Koussi (3.415 m), un volcán en las montañas Tibesti de Chad, es el pico más alto del Sahara. Las montañas Ar, el Atlas sahariano, Adrar des Iforas, las montañas Hoggar, las montañas Tibesti y las tierras altas del Mar Rojo se encuentran entre otras cadenas montañosas de la zona.
La mayoría de ellos son lagos salados. La razón detrás de la salinidad de estos lagos es la alta tasa de evaporación. Cuando el agua sale a la superficie en un ambiente árido y seco, tiende a volverse salada. Algunos lagos del desierto del Sahara evaporan alrededor de 6 metros de agua cada año. Hay lagos Ounianga únicos en el noreste de Chad que se formaron por los vientos alisios, lo que les dio una forma distinta. Estos lagos están rodeados de dunas de arena y anteriormente eran un único lago enorme que existió hace entre 15.000 y 5.500 años.
Los 18 lagos de Ounianga se alimentan del agua almacenada en un acuífero subterráneo hace miles de años durante un episodio húmedo de la historia del Sahara.
El Sahara se transforma en una sabana cubierta de exuberantes hierbas cada 20.000 años a medida que cambia la inclinación del eje de la Tierra. Este movimiento del eje cambia la posición del monzón norteafricano, un monzón que podría revitalizar la región del Sahara. La actual fase desértica continuará durante unos 15.000 años hasta que el Sahara regrese a la sabana.
La momia de Tashwinat, descubierta en una cueva debajo del sitio arqueológico de Uan Muhuggiag en Libia, era el cuerpo momificado perfectamente conservado de un niño de tres años que había sido enterrado hace entre 5.400 y 5.600 años. Esta tumba, envuelta en piel de cabra e imbuida de hierbas, desafía la cronología convencional. Según los hallazgos arqueológicos, el comienzo del estado egipcio se remonta al 3000 a. C., lo que significa que este entierro es anterior al antiguo Egipto en aproximadamente medio milenio.
El desierto del Sahara cubre un área de 3.500.000 millas cuadradas y se extiende a lo largo de Argelia, Chad, Egipto, Libia, Malí, Mauritania, Marruecos, Níger, el Sáhara Occidental, Sudán y Túnez. Esta inmensa extensión define significativamente la geografía del norte de África. Una característica importante del sector norte es la presencia de una zona fértil que abarca la costa del mar Mediterráneo, las montañas del Atlas del Magreb y el valle del Nilo.
El desierto del Sahara se encuentra con el Mar Rojo al este, mientras que el límite norte se alinea con el Mediterráneo y las partes occidentales se encuentran con el Atlántico, con un límite sur junto a la sabana tropical. La geografía del desierto cambia de desiertos áridos a tierras bajas costeras.
